Cuando los apicultores manipulan los panales muchas abejas mueren aplastadas. Las colmenas son rociadas con humo para calmar a las abejas y facilitar su manipulación. Se colocan exclusas o dispositivos especiales que violan el espacio de las abejas para recoger los productos mientras entran en la colmena. Las abejas son separadas de sus colmenas agitándolas vigorosamente o expulsándolas con potentes corrientes de aire. Pueden resultar con patas o alas cortadas.
Cortar las alas a las reinas evita enjambrar (e irse volando). Enjambrar es su forma natural de reproducción, crecimiento y supervivencia de la especie, al menos en estado salvaje. Sin embargo, los apicultores están constantemente tratando de evitar este fenómeno natural y usando feromonas artificiales y cortando sus alas para mantener su colonia bajo control.
Los apicultores alimentan sus colonias con sustitutos de polen artificial y almíbar de azúcar blanco, generalmente para sustituir la miel que les han quitado. Si estas prácticas son realizadas durante largos periodos de tiempo hacen disminuir la productividad y longevidad de la colmena. Las colonias se deberían alimentar con su comida natural - miel y polen - produciendo abejas nacidas con mayor tamaño y más vigorosas.
Los apicultores han pasado a depender del uso de pesticidas sintéticos y antibióticos para combatir plagas, y esto ha conducido a problemas de riesgo toxicológico para los apicultores y las abejas, y riesgos de contaminación en la miel.
Existe compra y venta de abejas a nivel mundial. Su transporte implica que las abejas sufran estrés, ahogo, sobrecalentamiento o frío. Muchas perecen enterradas en los ataúdes que son sus paquetes. Las abejas exóticas son transportadas a países extraños y causan problemas en el entorno natural extendiendo enfermedades. Posteriormente son tratadas como enemigas y sus nidos son destruidos vertiendo gasolina en las colmenas o matan las abejas rociándolas con jabón líquido.
Las abejas también son víctimas de la vivisección y un gran número de experimentos son aplicados sobre ellas en todo el mundo. Por desgracia, su naturaleza generalmente tranquila hace fácil su manipulación y se ha afirmado que son un animal de laboratorio ideal. Se realizan muchos experimentos de investigación y desarrollo sobre las colonias que obtendrán más miel y consecuentemente mayores beneficios. En Japón han irradiado abejas para hacer su aguijón ineficaz en un esfuerzo por conseguir una abeja 'sin aguijón' para hacer más fácil su manipulación y en Australia están investigando con una proteína de su veneno para tratar el cáncer.